Sebelum tahun 1981 Kementerian Agama Kota Probolinggo telah ada dengan sebutan nama Departemen Agama Kota Madya Probolinggo, pada waktu itu Departemen Agama Kodya Probolinggo masih menjadi satu dengan Departemen Agama Kabupaten Probolinggo
Pada tahun 1981 sampai dengan tahun 1986 Departemen Agama Kota Madya Probolinggo dipimpin oleh Bpk. H. Buhori. Karena adanya pemekaran (pemisahan) wilayah Probolinggo menjadi Kodya dan Kabupaten, Departemen Agama Kodya Probolinggo mengikuti alur perubahan kepemerintahan tersebut dan dipisah menjadi 2 (dua) bagian yaitu Departemen Agama Kodya Probolinggo dan Departemen Agama Kabupaten Probolinggo.
Pada tahun 2002 Departemen Agama Kodya Probolinggo berubah nama menjadi Departemen Agama Kota Probolinggo dan pada tahun 2010 sesuai dengan Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 dan KMA Nomor 1 Tahun 2010 Departemen Agama berubah nama menjadi Kementerian Agama. Seiring dengan perubahan tersebut Departemen Agama Kota Probolinggo berubah nama kembali menjadi Kementerian Agama Kota Probolinggo.
Lokasi awal Kantor Kementerian Agama Kota Probolinggo berlokasi di Jl. Panglima Sudirman, yang sebelumnya merupakan rumah Keluarga Zulkifli Choliq. Kini Kementerian Agama Kota Probolinggo telah memiliki kantor tersendiri yang berlokasi di Jl. Mastrip No 323 Kel. Kanigaran Kec. Kanigaran Kota Probolinggo. Kantor ini dibangun pada tahun 1983/1984 dan diresmikan pada tanggal 6 Januari 1986 oleh Bpk. Drs. Latief Anwar, yang pada saat itu menjabat sebagai Walikotamadya KDH. Tk. II Probolinggo.
Sejak tahun 1981 hingga saat ini, kepemimpinan Kantor Kementerian Agama Kota Probolinggo telah dipimpin oleh 11 orang Kepala Kantor di antaranya:

1981 – 1986

1986 – 1996

1996 – 1997

1997 – 2002

2005 – 2008

2008 – 2012

2012 – 2017

2017 – 2021

2021 – 2023

2023 – 2024

2024 – Sekarang
Petahana"Terwujudnya Masyarakat yang Rukun, Maslahat, dan Cerdas Bersama Indonesia Maju Menuju Indonesia Emas 2045"
Klik pada kartu pejabat untuk melihat uraian tugas dan fungsi jabatan.

Ringkasan Profil